מהי "הפקעה" שתזכה להטבות מס לעניין חוק מיסוי מקרקעין בחוזי חכירה מול רשות מקרקעי ישראל (להלן: "רמ"י") קיימת לעיתים תניה חוזית לפיה קרקע שייעודה שונה, למשל, מחקלאות למגורים, תוחזר לרשות מקרקעי ישראל. למרות שמדובר בתניה חוזית, לעיתים לרמ"י כוח חד-צדדי ליישום התנייה, ללא הסכמת החוכר. בנוסף, קיימים מקרים בהם הסכם החכירה המקורי לא כולל תניה חוזית כאמור, אך הצדדים הגיעו להסכמה על השבת הקרקע וגובה הפיצוי לאחר ניהול משא ומתן. למצבים המתוארים לעיל תוצאות מס שונות בהתאם להוראות חוק מיסוי מקרקעין. באופן עקרוני, בהליך של הפקעה, הגם שהוא נעשה באופן חד צדדי, נעשית פעולה של "מכירת" זכות במקרקעין כשהתמורה היא פיצויי ההפקעה. פיצוי זה חייב במס. יחד עם זאת, סעיף 48ג לחוק מקנה זיכוי בגובה של 50% מסכום המס במקרה של הפקעה. בנוסף, סעיף 64 לחוק מעניק פטור ממס שבח במקרה של הפקעת זכות במקרקעין, אם התמורה היחידה שהתקבלה בגין ההפקעה היא זכות חלופית במקרקעין (להבדיל מפיצוי כספי). אחת הבעיות המתעוררות בקשר לפרשנותם של סעיפים 48ג ו – 64 לחוק קשורה בעובדה שהחוק אינו מגדיר את המונח "הפקעה". בדין הכללי מגדרת הפקעה כרכישה כפויה של זכויות פרטיות במקרקעין, המתבצעת ידי על המדינה או מטעמה למטרה ציבורית ומתלווה בתשלום פיצויי. ועדות הערר דנו פעמים רבות בקיומו של מרכיב הכפייה שבהליך ההפקעה. כך למשל, בפסק הדין שניתן לאחרונה ע"י ועדת הערר בנצרת בעניין אגודת ניר יפה נדונה שאלת תחולת סעיף 48ג' לחוק בנסיבות בהן האגודה נדרשה להשיב את החזקה במקרקעין שהוחכרו לה בחוזה משבצת, לידי רמ"י, בשל שינויי יעוד המקרקעין מכוח החלטה של מועצת רמ"י. האגודה חתמה מול רמ"י על הסכם השבה ופיצוי. ועדת הערר קבעה בהסתמך על הלכת בית המשפט העליון בעניין וינצקי (ע"א 8134/99), כי נטילת המקרקעין מהאגודה במקרה זה לא נעשתה מכוח אחד מחוקי ההפקעה ולכן לא התבצע הליך הפקעה. עוד נדונה בערר השאלה, האם יחולו הוראות סעיף 48ג לחוק בדרך עקיפה מכוח סעיף 65 לחוק (הלפת מקרקעין מכוח צו של רשות מוסמכת). גם טענה זו נדחתה בנימוק שאין מדובר בהחלפת מקרקעין אלא בהשבתם וקבלת פיצוי כספי בעבור ההשבה ואף אין מדובר בנטילת מקרקעין בְשל צו של רשות מוסמכת. יצוין כי הגישה המחמירה של רשויות המס בנושא זה מותנה מעט בהוראות פנימיות (ר' למשל החלטת מיסוי 23/06), בהן אישרה רשות המיסים את החלת סעיף 48ג' לחוק גם על חוכרים שניהלו משא ומתן לשם קבלת פיצויי הפקעה והגיעו להסכמות עם רמ"י בטרם פרסום ההודעה על הפקעה לפי סעיף 5 לפקודת הקרקעות, והכל בתנאי שכל הליכי ההפקעה בוצעו והושלמו כדין.